AT5G48570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein; FUNCTIONS IN: FK506 binding, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity, calmodulin binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type (InterPro:IPR001179); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: rotamase FKBP 1 (TAIR:AT3G25230.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19690746..19693656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65226.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 578 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDDFDTQNQ FPEEEPEEMD MDLPDNDEAD SAPYLKIGEE MEIGKSGLKK KLVKECEKWD TPENGDEVEV HYTGTLLDGT KFDSSRDRGT PFKFTLGQGH 101: VIKGWDLGIK TMKKGENAIF TIPPELAYGE TGSPPTIPPN ATLQFDVELI AWRSVKDICG DGGVSKKIIV EGEKWEKPKD LDEVYVKYEA RLEDGTIVGK 201: SDGVEFTVKE GHFCPALSKA VKTMKRGEKV LLTVKPQYGF GEFGRPASDG LQAAIPPNAT LQIDLELVSW KTVVEVTDDR KVIKKILKEG EGYERPNEGA 301: IVKLKLIGKL QDGTTVFVKK GHEEDEEPFE FKIDEEQVIE GLEKAVMGMK KGEVALITIS PEYAFGSSES KQELAVIPPN STVYYEVELV SFIKEKESWD 401: MNTQERIEAA GKKKEEGNVL FKAGKYARAS KRYERGVKYI EYDSTFDEEE KKKSKDLKIA CNLNDAACKL KLKDYKEAAK LSTKVLEMDS RNVKAMYRRA 501: HAYLETADLD LAELDIKKAL EIDPDNKEVK IEYKKLKEKV KEYNKKDAKF YSNMLSKMLE PHKGTQKEAQ AMSIDTKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)