AT3G25230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : rotamase FKBP 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a a high molecular weight member of the FK506 binding protein (FKBP) family. It has three FKBP12-like domains, tetratricopeptide repeats, and a putative calmodulin binding domain. Modulates thermotolerance by interacting with HSP90.1 and affecting the accumulation of HsfA2-regulated sHSPs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
rotamase FKBP 1 (ROF1); FUNCTIONS IN: FK506 binding, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity, calmodulin binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to heat, response to wounding; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type (InterPro:IPR001179); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein (TAIR:AT5G48570.1); Has 23486 Blast hits to 15115 proteins in 1840 species: Archae - 212; Bacteria - 9362; Metazoa - 6200; Fungi - 1716; Plants - 1995; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4001 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9188257..9191137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61456.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 551 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDANFEMPPV GGMNDDDDMD FGDGASFLKV GEEKEIQQGL KKKLLKEGEG YETPENGDEV EVHYTGTLLD GTKFDSSRDR ATPFKFTLGQ GQVIKGWDIG 101: IKTMKKGENA VFTIPAELAY GESGSPPTIP ANATLQFDVE LLKWDSVKDI CKDGGVFKKI LAVGEKWENP KDLDEVLVKF EAKLEDGTVV GKSDGVEFTV 201: KDGHFCPALT KAVKTMKKGE KVLLTVKPQY GFGEKGKPAS AGEGAVPPNA TLEINLELVS WKTVSEVTDD NKVVKKVLKE GDGYERPNEG AVVKVKLIGK 301: LQDGTVFLKK GHGENEEPFE FKTDEEQVVD GLDRAVMKMK KGEVALVTID PEYAFGSNES QQELAVVPPN STVTYEVDLL TFDKERESWD MNTEEKIEAA 401: SKKKEEGNSK FKGGKYSLAS KRYEKAVKFI EYDTSFSEEE KKQAKALKVA CNLNDAACKL KLKDYKQAEK LCTKVLELES TNVKALYRRA QAYMELSDLD 501: LAEFDVKKAL EIDPNNREVK LEQKRLKEKM KEFNKKEAKF YGNMFAKLSK E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)