AT5G53400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HSP20-like chaperones superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes BOBBER1 (BOB1), a non-canonical small heat shock protein required for both development and thermotolerance. BOB1 is cytoplasmic at basal temperatures but forms heat shock granules containing canonical small heat shock proteins at high temperatures. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BOBBER1 (BOB1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CS-like domain (InterPro:IPR007052), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978), CS domain (InterPro:IPR017447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSP20-like chaperones superfamily protein (TAIR:AT4G27890.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21661588..21663383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34508.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 304 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIISEVEEE SSSSRPMIFP FRATLSSANP LGFLEKVFDF LGEQSDFLKK PSAEDEIVVA VRAAKEKLKK AEKKKAEKES VKPVEKKAEK EIVKLVEKKV 101: EKESVKPTIA ASSAEPIEVE KPKEEEEKKE SGPIVPNKGN GTDLENYSWI QNLQEVTVNI PVPTGTKART VVCEIKKNRL KVGLKGQDPI VDGELYRSVK 201: PDDCYWNIED QKVISILLTK SDQMEWWKCC VKGEPEIDTQ KVEPETSKLG DLDPETRSTV EKMMFDQRQK QMGLPTSEEL QKQEILKKFM SEHPEMDFSN 301: AKFN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)