AT1G22920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : COP9 signalosome 5A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AJH1 encodes a protein similar to JAB1, a specific mammalian coactivator of AP-1 transcription. Encodes a subunit of the COP9 complex that is involved in protein deneddylation. Plants with mutations in CSN5A and CSN5B have a de-etiolated phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
COP9 signalosome 5A (CSN5A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mov34/MPN/PAD-1 (InterPro:IPR000555); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: COP9-signalosome 5B (TAIR:AT1G71230.1); Has 1314 Blast hits to 1313 proteins in 252 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 460; Fungi - 400; Plants - 277; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 173 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8109882..8111895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39733.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 357 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGSSSAIAR KTWELENNIL PVEPTDSASD SIFHYDDASQ AKIQQEKPWA SDPNYFKRVH ISALALLKMV VHARSGGTIE IMGLMQGKTE GDTIIVMDAF 101: ALPVEGTETR VNAQSDAYEY MVEYSQTSKL AGRLENVVGW YHSHPGYGCW LSGIDVSTQM LNQQYQEPFL AVVIDPTRTV SAGKVEIGAF RTYPEGHKIS 201: DDHVSEYQTI PLNKIEDFGV HCKQYYSLDI TYFKSSLDSH LLDLLWNKYW VNTLSSSPLL GNGDYVAGQI SDLAEKLEQA ESQLANSRYG GIAPAGHQRR 301: KEDEPQLAKI TRDSAKITVE QVHGLMSQVI KDILFNSARQ SKKSADDSSD PEPMITS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)