AT3G20420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.824 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNAse THREE-like protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
double-stranded RNA binding / ribonuclease III. Required for 3' external transcribed spacer (ETS) cleavage of the pre-rRNA in vivo. Localizes in the nucleus and cytoplasm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNAse THREE-like protein 2 (RTL2); FUNCTIONS IN: double-stranded RNA binding, ribonuclease III activity; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Double-stranded RNA-binding (InterPro:IPR001159), Ribonuclease III (InterPro:IPR000999); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNAse THREE-like protein 3 (TAIR:AT5G45150.1); Has 7842 Blast hits to 7448 proteins in 2591 species: Archae - 23; Bacteria - 4871; Metazoa - 597; Fungi - 359; Plants - 331; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 1644 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7119371..7120895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44111.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 391 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDHSISPEYN FPAITRCSLS NSLPHRPPSP LPSSADIHRF YNSLSPSAPS VPVSSEMESM EAVEKILNYK FSNKSLLKEA ITHTSCTDFP SYERLEFIGD 101: SAIGLAISNY LYLTYPSLEP HDLSLLRAAN VSTEKLARVS LNHGLYSFLR RNAPSLDEKV KEFSEAVGKE DDLSVSYGGL VKAPKVLADL FESLAGAVYV 201: DVNFDLQRLW VIFRGLLEPI VTLDDLQKQP QPVSMLFKLC HKHKKRIDIK NWKDGNVSIA VIYLDDELLA SGRAENKDIA RLIAAKEALR KLSEVFPVEM 301: VIDEDSVEIQ LTHAKTKLNE ICLKKKWPKP IYSVEEDRSS VQGKRFVCSA KIKITEEKTL YMKGDEQSKI KKAESSSAYH MIRALRKSHY L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)