AT3G47620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TEOSINTE BRANCHED, cycloidea and PCF (TCP) 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a transcription factor AtTCP14 that regulates seed germination. AtTCP14 shows elevated expression level just prior to germination. AtTCP14 is predominantly expressed in the vascular tissue of the embryo, and affects gene expression in radicles in a non-cell-autonomous manner. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TEOSINTE BRANCHED, cycloidea and PCF (TCP) 14 (TCP14); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP family transcription factor (TAIR:AT1G58100.1); Has 1158 Blast hits to 1082 proteins in 149 species: Archae - 2; Bacteria - 69; Metazoa - 397; Fungi - 50; Plants - 507; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 133 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17559004..17560473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52302.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQKPTSSILN VIMDGGDSVG GGGGDDHHRH LHHHHRPTFP FQLLGKHDPD DNHQQQPSPS SSSSLFSLHQ HQQLSQSQPQ SQSQKSQPQT TQKELLQTQE 101: ESAVVAAKKP PLKRASTKDR HTKVDGRGRR IRMPALCAAR VFQLTRELGH KSDGETIEWL LQQAEPSVIA ATGTGTIPAN FTSLNISLRS SGSSMSLPSH 201: FRSAASTFSP NNIFSPAMLQ QQQQQQRGGG VGFHHPHLQG RAPTSSLFPG IDNFTPTTSF LNFHNPTKQE GDQDSEELNS EKKRRIQTTS DLHQQQQQHQ 301: HDQIGGYTLQ SSNSGSTATA AAAQQIPGNF WMVAAAAAAG GGGGNNNQTG GLMTASIGTG GGGGEPVWTF PSINTAAAAL YRSGVSGVPS GAVSSGLHFM 401: NFAAPMAFLT GQQQLATTSN HEINEDSNNN EGGRSDGGGD HHNTQRHHHH QQQHHHNILS GLNQYGRQVS GDSQASGSLG GGDEEDQQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)