AT1G66810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein (TAIR:AT1G68200.1); Has 998 Blast hits to 914 proteins in 220 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 425; Fungi - 99; Plants - 223; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 251 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24927613..24928619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35110.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKLAASTVT DLACVTAINS SPPPLSPISE QSFNNKHQEE FAASFASLYN SIFSPESLSP SPPSSSSPPS RVDTTTEHRL LQAKLILEYD ELNEHYELCL 101: NRLQSLMTEL DSLRHENDSL RFENSDLLKL IRISTSSSSS VSPPAPIHNR QFRHQISDSR SAKRNNQERN SLPKSISVRS QGYLKINHGF EASDLQTSQL 201: SSNSVSSSQK VCVVQTKGER EALELEVYRQ GMMKTELCNK WQETGACCYG DNCQFAHGID ELRPVIRHPR YKTEVCRMMV TGAMCPYGHR CHFRHSLTDQ 301: ERMMMMMLTR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)