AT2G02540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Zinc finger homeobox protein. Expressed in vascular tissue. In a yeast one hybrid system was not able to transactivate a reporter gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 21 (HB21); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeobox domain, ZF-HD class (InterPro:IPR006455), ZF-HD homeobox protein, Cys/His-rich dimerisation domain (InterPro:IPR006456), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox protein 31 (TAIR:AT1G14440.2); Has 496 Blast hits to 486 proteins in 43 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 11; Fungi - 0; Plants - 476; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:684302..685234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34717.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIASQEDPI PINTSYGNSG GGHGNMNHHH HANSAPSSLN ITTSNPLLVS SNSNGLGKNH DHSHHHHVGY NIMVTNIKKE KPVVIKYKEC LKNHAATMGG 101: NAIDGCGEFM PSGEEGSIEA LTCSVCNCHR NFHRRETEGE EKTFFSPYLN HHQPPPQQRK LMFHHKMIKS PLPQQMIMPI GVTTAGSNSE SEDLMEEEGG 201: GSLTFRQPPP PPSPYSYGHN QKKRFRTKFT QEQKEKMISF AERVGWKIQR QEESVVQQLC QEIGIRRRVL KVWMHNNKQN LSKKSNNVSN NVDLSAGNND 301: ITENLASTNP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)