AT2G46990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.732 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : indole-3-acetic acid inducible 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the Aux/IAA family of proteins implicated in auxin signaling. IAA20 lacks the conserved degron (domain II) found in many family members, and IAA20 fusion proteins are stable in Arabidopsis seedlings. IAA20 transcripts are induced by auxin treatment, and overexpression of IAA20 leads to defects in gravitropism, root development, root meristem maintenance, etiolation, and cotyledon vascular development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
indole-3-acetic acid inducible 20 (IAA20); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indole-3-acetic acid inducible 30 (TAIR:AT3G62100.1); Has 1768 Blast hits to 1768 proteins in 78 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1767; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19307861..19308869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19445.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 175 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRGRSSSSS SIESSSKSNP FGASSSTRNL STDLRLGLSF GTSSGTQYFN GGYGYSVAAP AVEDAEYVAA VEEEEENECN SVGSFYVKVN MEGVPIGRKI 101: DLMSLNGYRD LIRTLDFMFN ASILWAEEED MCNEKSHVLT YADKEGDWMM VGDVPWEMFL STVRRLKISR ANYHY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)