AT5G25890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : indole-3-acetic acid inducible 28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein that may be a negative regulator of lateral root formation in response to auxin. It is a member of IAA/ARF gene family and is plant-specific. Gain of function mutations in this gene suppresses lateral root formation and is resistant to inhibition of root elongation by auxin, cytokinin, and ethylene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
indole-3-acetic acid inducible 28 (IAA28); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to auxin stimulus, lateral root morphogenesis, regulation of translation; LOCATED IN: intracellular, nucleus; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indole-3-acetic acid inducible 18 (TAIR:AT1G51950.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9033480..9034554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20207.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 175 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEEKRLELR LAPPCHQFTS NNNINGSKQK SSTKETSFLS NNRVEVAPVV GWPPVRSSRR NLTAQLKEEM KKKESDEEKE LYVKINMEGV PIGRKVNLSA 101: YNNYQQLSHA VDQLFSKKDS WDLNRQYTLV YEDTEGDKVL VGDVPWEMFV STVKRLHVLK TSHAFSLSPR KHGKE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)