AT2G41660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.957 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function, DUF617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Essential for hydrotropism in roots. Mutant roots are defective in hydrotropism, and have slightly reduced phototropism and modified wavy growth response. Has normal gravitropism and root elongation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mizu-kussei 1 (MIZ1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF617, plant (InterPro:IPR006460); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function, DUF617 (TAIR:AT3G25640.1); Has 258 Blast hits to 256 proteins in 14 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 258; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17367945..17368838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32512.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 297 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVPYQELTLQ RSFSYNSRKI NPVTSPARSS HVRSPSSSAL IPSIPEHELF LVPCRRCSYV PLSSSSSASH NIGKFHLKFS LLLRSFINII NIPACKMLSL 101: PSPPSSSSSV SNQLISLVTG GSSSLGRRVT GTLYGHKRGH VTFSVQYNQR SDPVLLLDLA MSTATLVKEM SSGLVRIALE CEKRHRSGTK LFQEPKWTMY 201: CNGRKCGYAV SRGGACTDTD WRVLNTVSRV TVGAGVIPTP KTIDDVSGVG SGTELGELLY MRGKFERVVG SRDSEAFYMM NPDKNGGPEL SIFLLRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)