AT1G80340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.835 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 3-oxidase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with gibberellin 3 β-hydroxylase activity. The protein was heterologously expressed in E. coli and shown to catalyze the hydroxylation of both GA9 and GA20. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 3-oxidase 2 (GA3OX2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 3-oxidase 1 (TAIR:AT1G15550.1); Has 8474 Blast hits to 8441 proteins in 992 species: Archae - 0; Bacteria - 1121; Metazoa - 111; Fungi - 981; Plants - 4917; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1344 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:30200695..30202163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38784.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSTLSDVFR SHPIHIPLSN PPDFKSLPDS YTWTPKDDLL FSASASDETL PLIDLSDIHV ATLVGHACTT WGAFQITNHG VPSRLLDDIE FLTGSLFRLP 101: VQRKLKAARS ENGVSGYGVA RIASFFNKKM WSEGFTVIGS PLHDFRKLWP SHHLKYCEII EEYEEHMQKL AAKLMWFALG SLGVEEKDIQ WAGPNSDFQG 201: TQAVIQLNHY PKCPEPDRAM GLAAHTDSTL MTILYQNNTA GLQVFRDDVG WVTAPPVPGS LVVNVGDLLH ILTNGIFPSV LHRARVNHVR SRFSMAYLWG 301: PPSDIMISPL PKLVDPLQSP LYPSLTWKQY LATKATHFNQ SLSIIRN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)