AT1G15550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.947 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 3-oxidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in later steps of the gibberellic acid biosynthetic pathway. Activated by AGAMOUS in a cal-1, ap1-1 background. Deletion of 208 bp from -1016 to -809 (Δ-808) resulted in loss of GA-negative feedback (this sequence, which contains a 43-bp sequence GNFEI, was shown to be sufficient for GA-negative feedback). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 3-oxidase 1 (GA3OX1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 3-oxidase 2 (TAIR:AT1G80340.1); Has 8504 Blast hits to 8472 proteins in 995 species: Archae - 0; Bacteria - 1119; Metazoa - 109; Fungi - 1012; Plants - 4925; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5344569..5346078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40164.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 358 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPAMLTDVFR GHPIHLPHSH IPDFTSLREL PDSYKWTPKD DLLFSAAPSP PATGENIPLI DLDHPDATNQ IGHACRTWGA FQISNHGVPL GLLQDIEFLT 101: GSLFGLPVQR KLKSARSETG VSGYGVARIA SFFNKQMWSE GFTITGSPLN DFRKLWPQHH LNYCDIVEEY EEHMKKLASK LMWLALNSLG VSEEDIEWAS 201: LSSDLNWAQA ALQLNHYPVC PEPDRAMGLA AHTDSTLLTI LYQNNTAGLQ VFRDDLGWVT VPPFPGSLVV NVGDLFHILS NGLFKSVLHR ARVNQTRARL 301: SVAFLWGPQS DIKISPVPKL VSPVESPLYQ SVTWKEYLRT KATHFNKALS MIRNHREE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)