AT4G25420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes gibberellin 20-oxidase that is involved in the later steps of the gibberellin biosynthetic pathway. Regulated by a circadian clock. Weak expression response to far red light. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GA20OX1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 20 oxidase 2 (TAIR:AT5G51810.1); Has 8544 Blast hits to 8501 proteins in 990 species: Archae - 0; Bacteria - 1084; Metazoa - 124; Fungi - 981; Plants - 4942; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1413 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12990982..12992409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43226.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 377 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSFVTTSP EEEDKPKLGL GNIQTPLIFN PSMLNLQANI PNQFIWPDDE KPSINVLELD VPLIDLQNLL SDPSSTLDAS RLISEACKKH GFFLVVNHGI 101: SEELISDAHE YTSRFFDMPL SEKQRVLRKS GESVGYASSF TGRFSTKLPW KETLSFRFCD DMSRSKSVQD YFCDALGHGF QPFGKVYQEY CEAMSSLSLK 201: IMELLGLSLG VKRDYFREFF EENDSIMRLN YYPPCIKPDL TLGTGPHCDP TSLTILHQDH VNGLQVFVEN QWRSIRPNPK AFVVNIGDTF MALSNDRYKS 301: CLHRAVVNSE SERKSLAFFL CPKKDRVVTP PRELLDSITS RRYPDFTWSM FLEFTQKHYR ADMNTLQAFS DWLTKPI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)