AT4G38850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SAUR-like auxin-responsive protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
mRNA is rapidly induced by auxin and is very short-lived. Has been used as a reporter gene in studying auxin mutants. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SMALL AUXIN UPREGULATED 15 (SAUR15); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin responsive SAUR protein (InterPro:IPR003676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SAUR-like auxin-responsive protein family (TAIR:AT5G18050.1); Has 1222 Blast hits to 1213 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18126257..18126526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 10206.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 89 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MAFLRSFLGA KQIIRRESSS TPRGFMAVYV GENDQKKKRY VVPVSYLNQP LFQQLLSKSE EEFGYDHPMG GLTIPCHESL FFTVTSQIQ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)