AT1G75340.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); Has 7050 Blast hits to 2615 proteins in 330 species: Archae - 4; Bacteria - 260; Metazoa - 1495; Fungi - 1019; Plants - 181; Viruses - 41; Other Eukaryotes - 4050 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28269153..28271873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46800.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRKELCRNFQ RGSCRYGENC RFLHPQQAKP NNPFGFGTQN QQQQQQQQQQ NSSNPFGFGV QSGGSSRPNQ FQNTWSRTAS TPTGGGAAAS TQQTGKQTQP 101: ADHKCTDPAA CKRVMQDDFK NERPMWKLTC YGHWKYFPCD VTGDISYEEL RAVAYEEAKR GIPLQSIVER ERNLQNSKIA EFENFLRNPY KGSVTANQSP 201: FAATTPSIFP QSSQINSPSP AFSGFNQQTA FSNTNAGGLS SSGPPNAFAS FNQQTTFPNT NAGGVSSSGP PNPFASFTQQ SNNQQTAFSN TNAGGLSSSG 301: PPNAFASFNK QPNAFSVNTP QPVPSGPSGF QTNPSTTFKP ASFGPGPGFA TTPQNNNIFG QSTPTPATNT SQNNQTAFNF NVPVASFTAP AINTTNTSSG 401: TELQIGGDPV DSSIWLKEKW NPGEIPEQAP PDAFV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)