AT5G16600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb domain protein 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative transcription factor (MYB43). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
myb domain protein 43 (MYB43); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 20 (TAIR:AT1G66230.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5438291..5440214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37115.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 327 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRQPCCDKV GLKKGPWTIE EDKKLINFIL TNGHCCWRAL PKLSGLLRCG KSCRLRWINY LRPDLKRGLL SEYEEQKVIN LHAQLGNRWS KIASHLPGRT 101: DNEIKNHWNT HIKKKLRKMG IDPLTHKPLS EQEASQQAQG RKKSLVPHDD KNPKQDQQTK DEQEQHQLEQ ALEKNNTSVS GDGFCIDEVP LLNPHEILID 201: ISSSHHHHSN DDNVNINTSK FTSPSSSSSS TSSCISSVVP GDEFSKFFDE MEILDLKWLS SDDSLGDDIS KDGKFNNSTV DTMNLWDIND LSSLDMFMNE 301: HDDGFIGNGN GCSRMVLDQD SWTFDLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)