AT3G10340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.497 cytosol 0.225 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phenylalanine ammonia-lyase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes PAL4, a putative a phenylalanine ammonia-lyase. Arabidopsis has four PALs: AT2G37040 (PAL1), AT3G53260 (PAL2), AT5G04230 (PAL3) and AT3G10340 (PAL4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phenylalanine ammonia-lyase 4 (PAL4); FUNCTIONS IN: ammonia-lyase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: L-phenylalanine catabolic process, biosynthetic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phenylalanine/histidine ammonia-lyase (InterPro:IPR001106), Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site (InterPro:IPR022313), L-Aspartase-like (InterPro:IPR008948), Phenylalanine ammonia-lyase (InterPro:IPR005922); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PHE ammonia lyase 1 (TAIR:AT2G37040.1); Has 4898 Blast hits to 4876 proteins in 1415 species: Archae - 40; Bacteria - 2975; Metazoa - 80; Fungi - 127; Plants - 1177; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 499 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3204260..3207809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76924.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 707 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELCNQNNHI TAVSGDPLNW NATAEALKGS HLDEVKRMVK EYRKEAVKLG GETLTIGQVA AVARGGGGST VELAEEARAG VKASSEWVME SMNRGTDSYG 101: VTTGFGATSH RRTKQGGALQ NELIRFLNAG IFGPGAGDTS HTLPKPTTRA AMLVRVNTLL QGYSGIRFEI LEAITKLLNH EITPCLPLRG TITASGDLVP 201: LSYIAGLLTG RPNSKAVGPS GETLTASEAF KLAGVSSFFE LQPKEGLALV NGTAVGSGLA STVLFDANIL AVLSEVMSAM FAEVMQGKPE FTDHLTHKLK 301: HHPGQIEAAA IMEHILDGSS YVKEAQLLHE MDPLQKPKQD RYALRTSPQW LGPQIEVIRA ATKMIEREIN SVNDNPLIDV SRNKALHGGN FQGTPIGVAM 401: DNSRLAIASI GKLMFAQFSE LVNDFYNNGL PSNLSGGRNP SLDYGFKGAE IAMASYCSEL QFLANPVTNH VQSAEQHNQD VNSLGLISSR KTAEAVDILK 501: LMSTTYLVAL CQAVDLRHLE ENLKKAVKSA VSQVAKRVLT VGANGELHPS RFTERDVLQV VDREYVFSYA DDPCSLTYPL MQKLRHILVD HALADPEREA 601: NSATSVFHKI GAFEAELKLL LPKEVERVRV EYEEGTSAIA NRIKECRSYP LYRFVRDELN TELLTGENVR SPGEEFDKVF LAISDGKLID PLLECLKEWN 701: GAPVSIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)