AT1G32100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pinoresinol reductase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pinoresinol reductase involved in lignan biosynthesis. Expressed strongly in roots and less strongly in stems. Shows specificity for pinoresinol and not lariciresinol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pinoresinol reductase 1 (PRR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), NmrA-like (InterPro:IPR008030); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pinoresinol reductase 2 (TAIR:AT4G13660.1); Has 2085 Blast hits to 2085 proteins in 479 species: Archae - 27; Bacteria - 779; Metazoa - 2; Fungi - 496; Plants - 600; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 181 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11546472..11547953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35551.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGESKRTEKT RVLVVGATGY IGKRIVRACL AEGHETYVLQ RPEIGLEIEK VQLFLSFKKL GARIVEGSFS DHQSLVSAVK LVDVVVSAMS GVHFRSHNIL 101: VQLKLVEAIK EAGNVKRFLP SEFGMDPPRM GHALPPGRET FDQKMEVRQA IEAAGIPYTY VVGACFAAYF AGNLSQMVTL LPPKEKVNIY GDGNVKVVFA 201: DEDDIAKYTA KTLNDPRTLN KTVNIRPPDN VLTQLELVQI WEKLTGKELE KTNIAAQDFL ANIEQMEIPH QAGIGHFYHI FYEGCLTDHE VGEDEEASSL 301: YPDVKYKRMD DYLRMFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)