AT5G51890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peroxidase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes peroxidase involved in the lignification of tracheary elements (TE) in roots | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peroxidase superfamily protein; FUNCTIONS IN: peroxidase activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, oxidation reduction; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peroxidase superfamily protein (TAIR:AT5G42180.1); Has 4522 Blast hits to 4498 proteins in 281 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1; Fungi - 153; Plants - 4313; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 51 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:21091163..21092335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35561.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFSKGLIFA MIFAVLAIVK PSEAALDAHY YDQSCPAAEK IILETVRNAT LYDPKVPARL LRMFFHDCFI RGCDASILLD STRSNQAEKD GPPNISVRSF 101: YVIEDAKRKL EKACPRTVSC ADVIAIAARD VVTLSGGPYW SVLKGRKDGT ISRANETRNL PPPTFNVSQL IQSFAARGLS VKDMVTLSGG HTIGFSHCSS 201: FESRLQNFSK FHDIDPSMNY AFAQTLKKKC PRTSNRGKNA GTVLDSTSSV FDNVYYKQIL SGKGVFGSDQ ALLGDSRTKW IVETFAQDQK AFFREFAASM 301: VKLGNFGVKE TGQVRVNTRF VN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)