AT3G25710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic helix-loop-helix 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a basic helix–loop–helix transcription factor that is expressed in the hypophysis-adjacent embryo cells, and is required and partially sufficient for MP-dependent root initiation. Involved in response to phosphate starvation. Negative regulator of root hair development, anthocyanin formation and Pi content. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic helix-loop-helix 32 (BHLH32); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT1G68810.1); Has 2800 Blast hits to 2795 proteins in 201 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 397; Fungi - 30; Plants - 2368; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9369598..9371096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39498.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYAMKEEDCL QTFHNLQDYQ DQFHLHHHPQ ILPWSSTSLP SFDPLHFPSN PTRYSDPVHY FNRRASSSSS SFDYNDGFVS PPPSMDHPQN HLRILSEALG 101: PIMRRGSSFG FDGEIMGKLS AQEVMDAKAL AASKSHSEAE RRRRERINTH LAKLRSILPN TTKTDKASLL AEVIQHMKEL KRQTSQITDT YQVPTECDDL 201: TVDSSYNDEE GNLVIRASFC CQDRTDLMHD VINALKSLRL RTLKAEIATV GGRVKNILFL SREYDDEEDH DSYRRNFDGD DVEDYDEERM MNNRVSSIEE 301: ALKAVIEKCV HNNDESNDNN NLEKSSSGGI KRQRTSKMVN RCYN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)