AT2G41340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase II fifth largest subunit, D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NRPE5-like protein of unknown function; homologous to budding yeast RPB5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA polymerase II fifth largest subunit, D (RPB5D); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase, Rpb5, N-terminal (InterPro:IPR005571), RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal (InterPro:IPR000783), DNA-directed RNA polymerase, RPB5 subunit (InterPro:IPR014381); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic rpb5 RNA polymerase subunit family protein (TAIR:AT3G57080.1); Has 971 Blast hits to 971 proteins in 339 species: Archae - 231; Bacteria - 0; Metazoa - 155; Fungi - 216; Plants - 119; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 242 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17229026..17230442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24902.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 218 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGKGKEIVV GHSISKSSVE CHKYYLARRT TMEMLRDRGY DVSDEDINLS LQQFRALYGE HPDVDLLRIS AKHRFDSSKK ISVVFCGTGI VKVNAMRVIA 101: ADVLSRENIT GLILVLQSHI TNQALKAVEL FSFKVELFEI TDLLVNVSKH VLRPKHQVLN DKEKESLLKK FSIEEKQLPR LSSKDPIVRY YGLETGQVMK 201: VTYKDELSES HVTYRCVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)