AT5G60970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
TCP gene involved in heterochronic control of leaf differentiation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 5 (TCP5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP domain protein 17 (TAIR:AT5G08070.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24535570..24536652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40165.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSGECDEEE IQAKQERDQN QNHQVNLNHM LQQQQPSSVS SSRQWTSAFR NPRIVRVSRT FGGKDRHSKV CTVRGLRDRR IRLSVPTAIQ LYDLQDRLGL 101: SQPSKVIDWL LEAAKDDVDK LPPLQFPHGF NQMYPNLIFG NSGFGESPSS TTSTTFPGTN LGFLENWDLG GSSRTRARLT DTTTTQRESF DLDKGKWIKN 201: DENSNQDHQG FNTNHQQQFP LTNPYNNTSA YYNLGHLQQS LDQSGNNVTV AISNVAANNN NNLNLHPPSS SAGDGSQLFF GPTPPAMSSL FPTYPSFLGA 301: SHHHHVVDGA GHLQLFSSNS NTASQQHMMP GNTSLIRPFH HLMSSNHDTD HHSSDNESDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)