AT5G16540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger nuclease 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a zinc finger protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
zinc finger nuclease 3 (ZFN3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger protein 1 (TAIR:AT3G02830.1); Has 1367 Blast hits to 672 proteins in 143 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 181; Fungi - 162; Plants - 933; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5403437..5405034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41527.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 375 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFDSISRES TFLSPLLNQN AMWQMNLGSD DTMGVDGSYP ERHGEPDCAY YIRTGLCRFG STCRFNHPHD RKLVIATARI KGEYPERIGQ PECEFYLKTG 101: TCKFGVTCKF HHPRNKAGID GSVSVNVLSY PLRPNEDDCS YFLRIGQCKF GGTCKFNHPQ TQSTNLMVSV RGSPVYSALQ SLTGQPSYSW SRTSFVANPP 201: RLQDPSGFAS GSQGGLFSSG FHSGNSVPLG FYALPRENVF PERPGQPECQ FYMKTGDCKF GTVCKFHHPR DRQTPPPDCV LSSVGLPLRP GEPLCVFYSR 301: YGICKFGPSC KFDHPMRVFT YNNNTASPSP SSSLHQETAI TTELRNLLVS SSVEAKPTSL PETTSAKDTI VDAQH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)