AT3G02830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a zinc finger protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
zinc finger protein 1 (ZFN1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger nuclease 3 (TAIR:AT5G16540.1); Has 1325 Blast hits to 706 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 216; Fungi - 147; Plants - 868; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 94 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:614075..615916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44183.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 397 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFNAGVPMS SLSPLMNQDA MWQMNLSSDE TMETGSYPER PGEPDCSYYI RTGLCRFGST CRFNHPRDRE LVIATARMRG EYPERIGQPE CEYYLKTGTC 101: KFGVTCKFHH PRNKAGIAGR VSLNMLGYPL RSNEVDCAYF LRTGHCKFGG TCKFNHPQPQ PTNMMVPTSG QQSYPWSRAS FIASPRWQDP SSYASLIMPQ 201: GVVPVQGWNP YSGQLGSVSP SGTGNDQNYR NLQQNETIES GSQSQGSFSG YNPGSSVPLG GYYALPRENV FPERPGQPEC QFYMKTGDCK FGTVCKFHHP 301: RDRQAPPPDC LLSSIGLPLR PGEPLCVFYT RYGICKFGPS CKFDHPMRVF TYDNTASETD EVVETSTGKS RRLSVSETRQ AATTSSGKDT TIDNTQQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)