AT1G09570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phytochrome A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Light-labile cytoplasmic red/far-red light photoreceptor involved in the regulation of photomorphogenesis. It exists in two inter-convertible forms: Pr and Pfr (active) and functions as a dimer.The N terminus carries a single tetrapyrrole chromophore, and the C terminus is involved in dimerization. It is the sole photoreceptor mediating the FR high irradiance response (HIR). Major regulator in red-light induction of phototropic enhancement. Involved in the regulation of de-etiolation. Involved in gravitropism and phototropism. Requires FHY1 for nuclear accumulation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phytochrome A (PHYA); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phytochrome, central region (InterPro:IPR013515), Signal transduction histidine kinase, core (InterPro:IPR005467), PAS fold (InterPro:IPR013767), PAS (InterPro:IPR000014), Phytochrome chromophore attachment domain (InterPro:IPR016132), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), PAS fold-2 (InterPro:IPR013654), Phytochrome A/B/C/D/E (InterPro:IPR012129), Phytochrome (InterPro:IPR001294), Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation/phosphoacceptor domain (InterPro:IPR003661), Phytochrome chromophore binding site (InterPro:IPR013516), GAF (InterPro:IPR003018); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytochrome C (TAIR:AT5G35840.1); Has 30353 Blast hits to 29854 proteins in 3804 species: Archae - 337; Bacteria - 24139; Metazoa - 4; Fungi - 596; Plants - 4116; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 1154 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3095498..3099216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 124508.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1122 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MSGSRPTQSS EGSRRSRHSA RIIAQTTVDA KLHADFEESG SSFDYSTSVR VTGPVVENQP PRSDKVTTTY LHHIQKGKLI QPFGCLLALD EKTFKVIAYS 0101: ENASELLTMA SHAVPSVGEH PVLGIGTDIR SLFTAPSASA LQKALGFGDV SLLNPILVHC RTSAKPFYAI IHRVTGSIII DFEPVKPYEV PMTAAGALQS 0201: YKLAAKAITR LQSLPSGSME RLCDTMVQEV FELTGYDRVM AYKFHEDDHG EVVSEVTKPG LEPYLGLHYP ATDIPQAARF LFMKNKVRMI VDCNAKHARV 0301: LQDEKLSFDL TLCGSTLRAP HSCHLQYMAN MDSIASLVMA VVVNEEDGEG DAPDATTQPQ KRKRLWGLVV CHNTTPRFVP FPLRYACEFL AQVFAIHVNK 0401: EVELDNQMVE KNILRTQTLL CDMLMRDAPL GIVSQSPNIM DLVKCDGAAL LYKDKIWKLG TTPSEFHLQE IASWLCEYHM DSTGLSTDSL HDAGFPRALS 0501: LGDSVCGMAA VRISSKDMIF WFRSHTAGEV RWGGAKHDPD DRDDARRMHP RSSFKAFLEV VKTRSLPWKD YEMDAIHSLQ LILRNAFKDS ETTDVNTKVI 0601: YSKLNDLKID GIQELEAVTS EMVRLIETAT VPILAVDSDG LVNGWNTKIA ELTGLSVDEA IGKHFLTLVE DSSVEIVKRM LENALEGTEE QNVQFEIKTH 0701: LSRADAGPIS LVVNACASRD LHENVVGVCF VAHDLTGQKT VMDKFTRIEG DYKAIIQNPN PLIPPIFGTD EFGWCTEWNP AMSKLTGLKR EEVIDKMLLG 0801: EVFGTQKSCC RLKNQEAFVN LGIVLNNAVT SQDPEKVSFA FFTRGGKYVE CLLCVSKKLD REGVVTGVFC FLQLASHELQ QALHVQRLAE RTAVKRLKAL 0901: AYIKRQIRNP LSGIMFTRKM IEGTELGPEQ RRILQTSALC QKQLSKILDD SDLESIIEGC LDLEMKEFTL NEVLTASTSQ VMMKSNGKSV RITNETGEEV 1001: MSDTLYGDSI RLQQVLADFM LMAVNFTPSG GQLTVSASLR KDQLGRSVHL ANLEIRLTHT GAGIPEFLLN QMFGTEEDVS EEGLSLMVSR KLVKLMNGDV 1101: QYLRQAGKSS FIITAELAAA NK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)