AT5G25900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GA requiring 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the CYP701A cytochrome p450 family that is involved in later steps of the gibberellin biosynthetic pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GA requiring 3 (GA3); FUNCTIONS IN: oxygen binding; INVOLVED IN: gibberellin biosynthetic process, gibberellic acid mediated signaling pathway, ent-kaurene oxidation to kaurenoic acid; LOCATED IN: chloroplast outer membrane, endoplasmic reticulum, microsome; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytochrome P450 superfamily protein (TAIR:AT5G07990.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9036073..9038278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58163.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 509 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFFSMISIL LGFVISSFIF IFFFKKLLSF SRKNMSEVST LPSVPVVPGF PVIGNLLQLK EKKPHKTFTR WSEIYGPIYS IKMGSSSLIV LNSTETAKEA 101: MVTRFSSIST RKLSNALTVL TCDKSMVATS DYDDFHKLVK RCLLNGLLGA NAQKRKRHYR DALIENVSSK LHAHARDHPQ EPVNFRAIFE HELFGVALKQ 201: AFGKDVESIY VKELGVTLSK DEIFKVLVHD MMEGAIDVDW RDFFPYLKWI PNKSFEARIQ QKHKRRLAVM NALIQDRLKQ NGSESDDDCY LNFLMSEAKT 301: LTKEQIAILV WETIIETADT TLVTTEWAIY ELAKHPSVQD RLCKEIQNVC GGEKFKEEQL SQVPYLNGVF HETLRKYSPA PLVPIRYAHE DTQIGGYHVP 401: AGSEIAINIY GCNMDKKRWE RPEDWWPERF LDDGKYETSD LHKTMAFGAG KRVCAGALQA SLMAGIAIGR LVQEFEWKLR DGEEENVDTY GLTSQKLYPL 501: MAIINPRRS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)