AT3G55560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AT-hook protein of GA feedback 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AT-hook protein of GA feedback 2 (AGF2); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AT-hook motif nuclear-localized protein 20 (TAIR:AT4G14465.1); Has 804 Blast hits to 798 proteins in 45 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 18; Fungi - 6; Plants - 758; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20604904..20605836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32604.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANPWWVGNV AIGGVESPVT SSAPSLHHRN SNNNNPPTMT RSDPRLDHDF TTNNSGSPNT QTQSQEEQNS RDEQPAVEPG SGSGSTGRRP RGRPPGSKNK 101: PKSPVVVTKE SPNSLQSHVL EIATGADVAE SLNAFARRRG RGVSVLSGSG LVTNVTLRQP AASGGVVSLR GQFEILSMCG AFLPTSGSPA AAAGLTIYLA 201: GAQGQVVGGG VAGPLIASGP VIVIAATFCN ATYERLPIEE EQQQEQPLQL EDGKKQKEEN DDNESGNNGN EGSMQPPMYN MPPNFIPNGH QMAQHDVYWG 301: GPPPRAPPSY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)