AT1G09530.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : phytochrome interacting factor 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Transcription factor interacting with photoreceptors phyA and phyB. Forms a ternary complex in vitro with G-box element of the promoters of LHY, CCA1. Acts as a negative regulator of phyB signalling. It degrades rapidly after irradiation of dark grown seedlings in a process controlled by phytochromes. Does not play a significant role in controlling light input and function of the circadian clockwork. Binds to G- and E-boxes, but not to other ACEs. Binds to anthocyanin biosynthetic genes in a light- and HY5-independent fashion. PIF3 function as a transcriptional activator can be functionally and mechanistically separated from its role in repression of PhyB mediated processes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
phytochrome interacting factor 3 (PIF3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytochrome interacting factor 3-like 1 (TAIR:AT2G46970.1); Has 4326 Blast hits to 4310 proteins in 315 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 732; Fungi - 183; Plants - 3377; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3077216..3079367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 56993.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPLFELFRLT KAKLESAQDR NPSPPVDEVV ELVWENGQIS TQSQSSRSRN IPPPQANSSR AREIGNGSKT TMVDEIPMSV PSLMTGLSQD DDFVPWLNHH 101: PSLDGYCSDF LRDVSSPVTV NEQESDMAVN QTAFPLFQRR KDGNESAPAA SSSQYNGFQS HSLYGSDRAR DLPSQQTNPD RFTQTQEPLI TSNKPSLVNF 201: SHFLRPATFA KTTNNNLHDT KEKSPQSPPN VFQTRVLGAK DSEDKVLNES VASATPKDNQ KACLISEDSC RKDQESEKAV VCSSVGSGNS LDGPSESPSL 301: SLKRKHSNIQ DIDCHSEDVE EESGDGRKEA GPSRTGLGSK RSRSAEVHNL SERRRRDRIN EKMRALQELI PNCNKVDKAS MLDEAIEYLK SLQLQVQIMS 401: MASGYYLPPA VMFPPGMGHY PAAAAAMAMG MGMPYAMGLP DLSRGGSSVN HGPQFQVSGM QQQPVAMGIP RVSGGGIFAG SSTIGNGSTR DLSGSKDQTT 501: TNNNSNLKPI KRKQGSSDQF CGSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)