AT1G02340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a light-inducible, nuclear bHLH protein involved in phytochrome signaling. Mutants exhibit a long-hypocotyl phenotype only under far-red light but not under red light and are defective in other phytochrome A-related responses. Mutants also show blue light response defects. HFR1 interacts with COP1, co-localizes to the nuclear specks and is ubiquinated by COP1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LONG HYPOCOTYL IN FAR-RED (HFR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytochrome interacting factor 3 (TAIR:AT1G09530.2); Has 1715 Blast hits to 1709 proteins in 90 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4; Fungi - 4; Plants - 1707; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:465933..467685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33616.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 292 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNNQAFMEL GWRNDVGSLA VKDQGMMSER ARSDEDRLIN GLKWGYGYFD HDQTDNYLQI VPEIHKEVEN AKEDLLVVVP DEHSETDDHH HIKDFSERSD 101: HRFYLRNKHE NPKKRRIQVL SSDDESEEFT REVPSVTRKG SKRRRRDEKM SNKMRKLQQL VPNCHKTDKV SVLDKTIEYM KNLQLQLQMM STVGVNPYFL 201: PATLGFGMHN HMLTAMASAH GLNPANHMMP SPLIPALNWP LPPFTNISFP HSSSQSLFLT TSSPASSPQS LHGLVPYFPS FLDFSSHAMR RL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)