AT2G46340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SPA (suppressor of phyA-105) protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the SPA (suppressor of phyA-105) protein family (SPA1-SPA4). SPA proteins contain an N-terminal serine/threonine kinase-like motif followed by a coiled-coil structure and a C-terminal WD-repeat domain. SPA1 is a PHYA signaling intermediate, putative regulator of PHYA signaling pathway. Light responsive repressor of photomorphogenesis. Involved in regulating circadian rhythms and flowering time in plants. Under constant light, the abundance of SPA1 protein exhibited circadian regulation, whereas under constant darkness, SPA1 protein levels remained unchanged. In addition, the spa1-3 mutation slightly shortened circadian period of CCA1, TOC1/PRR1 and SPA1 transcript accumulation under constant light. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SUPPRESSOR OF PHYA-105 1 (SPA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SPA1-related 2 (TAIR:AT4G11110.1); Has 31438 Blast hits to 19748 proteins in 684 species: Archae - 32; Bacteria - 4770; Metazoa - 12431; Fungi - 6743; Plants - 3442; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 4018 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19022572..19026821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 114692.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1029 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MPVMERVAEE TVATNNIQLK ARVDDVPCNK LDARHNDMVI QSETANSDCP GSSAHRNVDL TKPPPPEEAA GAKLSVEELT LGNYRIVQGS NNTNVDSPRA 0101: GKFEHLYRLA RGSAFRAGDG DLDSQPRDMD QMLSRIRQQL AGAPSERQNL KPFMSRRSDQ NLEAFSERLR AAGENSIMNA PALISEGVQM KTPVSSSNFS 0201: QLLLKRAMKG KGVVGKNQET PPEFVSDQDL GSKEKKLDIS KSPTPHDVLP LKSSPKGNGM VSHGDGNHSK SSIGISLREF LRSSYAKREK RHGLCLFRQL 0301: VELVDSAHSK RLFLLDLRPS LFTLVPSKKL RYIGNFGKND LESDVDEDLN RRRPVVEESS SGGRDSKKRK MDLHLNSPGN QLQATSTGRP FKRKSPVIDL 0401: NMVDARNPDS CELQQQDYIK NLSVSSVSRK QSMSTWLEEQ WYTCPEEING EDIGEKSNIY ALGVLLFELL CHCESGEMHA AMMADLRHRI LPPTFLSKYP 0501: KEAGFCLWLL HPEPSSRPSA RDILKSELIC EDDSVKSTAA AEEISELLLH FLSSLEVQKK KKASKLLQDI QTLEDDIKEA ERRYSSNVSL VRSHGAIEKR 0601: VQSSPLDEHC TTSSALFVPT ANTDRLMSNI RQLEDAYFFM RSQINLSSSA ATARSDKTLK DRDRCSENQN ENQDMSTKGK SSDQLEVFFE GLCKFARYSK 0701: FETCGTIRSG DLLNSASVVC SLSFDPDEEH IAAAGISKKI KIFDFNAFMN ESVGVHYPLV EMVNKSKLSC VCWNSYIKNY LASTDYDGVV QIWDAGTGQG 0801: FSQYTEHQKR AWSVDFSPSD PTKFVSGSDD CSVKLWSINE KRSLGTIWSP ANVCCVQFSS YSNHLLAFGS ADYKVYCYDL RYVKTPWCTL AGHEKAVSYV 0901: KFMDSETIVS ASTDNSLKLW NLNKTNSSGL SPGACSLTYK GHTNQKNFVG LSVLDGYIAC GSETNEVYSY YKSLPMPMTS YKFGSVDPIS GNEYFDDNGQ 1001: FVSSVCWRKK SNMLVAANST GNMKLLKLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)