AT1G17050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : solanesyl diphosphate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with solanesyl diphosphate synthase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
solanesyl diphosphate synthase 2 (SPS2); FUNCTIONS IN: trans-octaprenyltranstransferase activity; INVOLVED IN: ubiquinone biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Solanesyl diphosphate synthase (InterPro:IPR014120), Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: solanesyl diphosphate synthase 1 (TAIR:AT1G78510.1); Has 16766 Blast hits to 16738 proteins in 2950 species: Archae - 341; Bacteria - 9538; Metazoa - 427; Fungi - 613; Plants - 416; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5431 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5829289..5831215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46047.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 417 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMSCRNIDL GTSVLDHSCS SSSTSRRFLF GNSSKTVCMI GGRSCVGNLV FLRRDLATCR AVPAKSKENS LVNGIGQDQT VMLNLRQESR KPISLETLFE 101: VVADDLQRLN DNLLSIVGAE NPVLISAAEQ IFSAGGKRMR PGLVFLVSRA TAELAGLKEL TVEHRRLGEI IEMIHTASLI HDDVLDESDM RRGRETVHEL 201: FGTRVAVLAG DFMFAQASWY LANLENLEVI KLISQVIKDF ASGEIKQASS LFDCDVKLDD YMLKSYYKTA SLVAASTKGA AIFSKVESKV AEQMYQFGKN 301: LGLSFQVVDD ILDFTQSTEQ LGKPAANDLA KGNITAPVIF ALENEPRLRE IIESEFCEPG SLEEAIEIVR NRGGIKKAQE LAKEKAELAL KNLNCLPRSG 401: FRSALEDMVM FNLERID |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)