AT5G24120.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : sigma factor E | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a specialized sigma factor that functions in regulation of plastid genes and is responsible for the light-dependent transcription at the psbD LRP. Activation of SIG5 is dependent upon blue light and mediated by cryptochromes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sigma factor E (SIGE); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase sigma factor, region 2 (InterPro:IPR013325), Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA polymerase sigma-70 region 3 (InterPro:IPR007624), RNA polymerase sigma-70 (InterPro:IPR014284), RNA polymerase sigma factor, region 3/4 (InterPro:IPR013324), RNA polymerase sigma-70 region 2 (InterPro:IPR007627), RNA polymerase sigma-70 region 4 (InterPro:IPR007630), RNA polymerase sigma-70 factor (InterPro:IPR000943); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNApolymerase sigma subunit 2 (TAIR:AT1G08540.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8157794..8159746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58816.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 517 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVVSISSSA ARSPLGLGND LLTHRSSLKK PSIVAFKADD SSNSALIIPP REQVLIPAEK HNEKKREVTR RKPCKTPKKP LSLEHNSAPS CSLGVDYNEA 101: AARLESIYKL SPATTTLVED DVEDGGSKAK VSRRRKRKES GEEKKVVVRN NVKKEKRMSL DKRIALKRNV QEKPVVASVD KKVTKRQQEE EKIERLVRDY 201: SASNDIVSLD WKKMKIPPVL SSTEHAWLFK LMQPMKALLE VKDVLQKSLG REPREAEIAG EINMTAGEVK KKIEIGRAAR NKLIKHNLRL VLFVMNKYFH 301: EFTNGPKFQD LCQAGMRGLI TAIDRFEPKR KFRLSTYGLF WIRHAIIRSM TTSNFTRVPF GLESVRVEIY KAKTELWFEM GRPPTEDEVV ERLKITPERY 401: REVLRAAKPV LSLNSKHSVT QEEFINGITD VDGVGANNSR QPALLRLALD DVLDSLKPKE SLVIRQRYGL DGKGDRTLGE IAGNLNISRE MVRKHEVKAL 501: MKLKHQARVD YLRQYIV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)