AT4G37760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.496 plastid 0.374 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : squalene epoxidase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
squalene epoxidase 3 (SQE3); FUNCTIONS IN: squalene monooxygenase activity; INVOLVED IN: response to jasmonic acid stimulus, response to wounding, sterol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene epoxidase (InterPro:IPR013698), Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal (InterPro:IPR003953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: squalene epoxidase 2 (TAIR:AT2G22830.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17744085..17746426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57102.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 525 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPTIFVDHC ILTTTFVASL FAFLLLYVLR RRSKTIHGSV NVRNGTLTVK SGTDVDIIIV GAGVAGAALA HTLGKEGRRV HVIERDLTEP DRIVGELLQP 101: GGYLKLIELG LEDCVKDIDA QRVLGYALFK DGKHTKLSYP LDQFDSDVAG RSFHNGRFVQ RMREKASLLP NVRMEQGTVT SLVEENGIIK GVQYKTKDGQ 201: ELKSFAPLTI VCDGCFSNLR RSLCKPKVEV PSNFVGLVLE NCELPFPNHG HVVLGDPSPI LFYPISSSEV RCLVDVPGSK LPSVASGEMA HHLKTMVAPQ 301: VPPQIRDAFI SAVEKGNIRT MPNRSMPADP IHTPGALLLG DAFNMRHPLT GGGMTVALSD IVILRDLLNP LVDLTNKESL SKYIESFYTL RKPVASTINT 401: LAGALYKVFL ASPDDARSEM RRACFDYLSL GGVCSSGPVA LLSGLNPRPM SLVLHFFAVA IFGVGRLLVP LPSVKRLWLG ARLISSASGI IFPIIKAEGV 501: RQMFFPRTIP AIYRAPPTPS SSSPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)