AT1G78510.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : solanesyl diphosphate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with solanesyl diphosphate synthase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
solanesyl diphosphate synthase 1 (SPS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Solanesyl diphosphate synthase (InterPro:IPR014120), Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: solanesyl diphosphate synthase 2 (TAIR:AT1G17050.1); Has 16774 Blast hits to 16749 proteins in 2959 species: Archae - 341; Bacteria - 9542; Metazoa - 459; Fungi - 581; Plants - 425; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5426 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29535410..29537163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44470.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMTSCRNIDL GTMMMACGCG RRQFPSLAKT VCKFTSSNRS YGGLVGSCKA VPTKSKEISL LNGIGQSQTV SFDLKQESKQ PISLVTLFEL VAVDLQTLND 101: NLLSIVGAEN PVLISAAEQI FGAGGKRMRP GLVFLVSHAT AELAGLKELT TEHRRLAEII EMIHTASLIH DDVLDESDMR RGKETVHELF GTRVAVLAGD 201: FMFAQASWYL ANLENLEVIK LISQVIKDFA SGEIKQASSL FDCDTKLDEY LLKSFYKTAS LVAASTKGAA IFSRVEPDVT EQMYEFGKNL GLSFQIVDDI 301: LDFTQSTEQL GKPAGSDLAK GNLTAPVIFA LEREPRLREI IESEFCEAGS LEEAIEAVTK GGGIKRAQEL AREKADDAIK NLQCLPRSGF RSALEDMVLY 401: NLERID |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)