AT5G15850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CONSTANS-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Homologous to the flowering-time gene CONSTANS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CONSTANS-like 1 (COL1); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: circadian rhythm, regulation of flower development; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, B-box (InterPro:IPR000315); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: B-box type zinc finger protein with CCT domain (TAIR:AT5G15840.1); Has 3200 Blast hits to 2506 proteins in 141 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 3006; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 193 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5176297..5177473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39492.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 355 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLKVESNWAQ ACDTCRSAAC TVYCRADSAY LCSSCDAQVH AANRLASRHE RVRVCQSCER APAAFFCKAD AASLCTTCDS EIHSANPLAR RHQRVPILPI 101: SEYSYSSTAT NHSCETTVTD PENRLVLGQE EEDEDEAEAA SWLLPNSGKN SGNNNGFSIG DEFLNLVDYS SSDKQFTDQS NQYQLDCNVP QRSYGEDGVV 201: PLQIEVSKGM YQEQQNFQLS INCGSWGALR SSNGSLSHMV NVSSMDLGVV PESTTSDATV SNPRSPKAVT DQPPYPPAQM LSPRDREARV LRYREKKKMR 301: KFEKTIRYAS RKAYAEKRPR IKGRFAKKKD VDEEANQAFS TMITFDTGYG IVPSF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)