AT5G06770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), K Homology (InterPro:IPR004087), K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), K Homology, type 1 (InterPro:IPR004088); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein (TAIR:AT3G12130.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2090937..2092787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25369.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 240 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDARKRGRPE AAASHNSNGG FKRSKQEMES ISTGLGSKSK PCTKFFSTSG CPFGDNCHFL HYVPGGYNAA AQMTNLRPPV SQVSRNMQGS GGPGGRFSGR 101: GDPGSGPVSI FGASTSKISV DASLAGAIIG KGGIHSKQIC RETGAKLSIK DHERDPNLKI IELEGTFEQI NVASGMVREL IGRLGSVKKP QGIGGPEGKP 201: HPGSNYKTKI CDRYSKGNCT YGDRCHFAHG ESELRRSGIA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)