AT2G40140.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (CCCH-type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
CZF1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: salt-inducible zinc finger 1 (TAIR:AT3G55980.1); Has 1196 Blast hits to 1143 proteins in 183 species: Archae - 4; Bacteria - 47; Metazoa - 401; Fungi - 61; Plants - 441; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 240 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16772537..16774330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 66156.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 597 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCGAKSNLCS SKTLTEVEFM RQKSEDGASA TCLLEFAACD DLSSFKREIE ENPSVEIDES GFWYCRRVGS KKMGFEERTP LMVAAMYGSM EVLNYIIATG 101: RSDVNRVCSD EKVTALHCAV SGCSVSIVEI IKILLDASAS PNCVDANGNK PVDLLAKDSR FVPNQSRKAV EVLLTGIHGS VMEEEEEELK SVVTKYPADA 201: SLPDINEGVY GTDDFRMFSF KVKPCSRAYS HDWTECPFVH PGENARRRDP RKYPYTCVPC PEFRKGSCPK GDSCEYAHGV FESWLHPAQY RTRLCKDETG 301: CARRVCFFAH RRDELRPVNA STGSAMVSPR SSNQSPEMSV MSPLTLGSSP MNSPMANGVP LSPRNGGLWQ NRVNSLTPPP LQLNGSRLKS TLSARDMDME 401: MELRFRGLDN RRLGDLKPSN LEETFGSYDS ASVMQLQSPS RHSQMNHYPS SPVRQPPPHG FESSAAMAAA VMNARSSAFA KRSLSFKPAP VASNVSDWGS 501: PNGKLEWGMQ RDELNKLRRS ASFGIHGNNN NSVSRPARDY SDEPDVSWVN SLVKENAPER VNERVGNTVN GAASRDKFKL PSWAEQMYID HEQQIVA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)