AT3G16720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TOXICOS EN LEVADURA 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RING-H2 protein induced after exposure to chitin or inactivated crude cellulase preparations. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TOXICOS EN LEVADURA 2 (ATL2); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to chitin, defense response; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G15975.1); Has 9711 Blast hits to 9689 proteins in 300 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2552; Fungi - 813; Plants - 5050; Viruses - 85; Other Eukaryotes - 1209 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5692880..5693794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34053.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 304 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSNDQDPIP FRPEDNNFSG SKTYAMSGKI MLSAIVILFF VVILMVFLHL YARWYLLRAR RRHLRRRSRN RRATMVFFTA DPSTAATSVV ASRGLDPNVI 101: KSLPVFTFSD ETHKDPIECA VCLSEFEESE TGRVLPNCQH TFHVDCIDMW FHSHSTCPLC RSLVESLAGI ESTAAARERE VVIAVDSDPV LVIEPSSSSG 201: LTDEPHGSGS SQMLREDSGR KPAAIEVPRR TFSEFEDELT RRDSPASQSF RSPMSRMLSF TRMLSRDRRS ASSPIAGAPP LSPTLSCRIQ MTESDIERGG 301: EESR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)