AT3G55980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : salt-inducible zinc finger 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
salt-inducible zinc finger 1 (SZF1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (CCCH-type) family protein (TAIR:AT2G40140.2); Has 1623 Blast hits to 1414 proteins in 181 species: Archae - 2; Bacteria - 49; Metazoa - 777; Fungi - 32; Plants - 465; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 296 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20776857..20778599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64061.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 580 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCSGPKSNLC SSRTLTEIES RQKEEETMLL LEFAACDDLD SFKREVEEKG LDLDESGLWY CRRVGSKKMG LEERTPLMVA AMYGSIKVLT FIVSTGKSDV 101: NRACGEERVT PLHCAVAGCS VNMIEVINVL LDASALVNSV DANGNQPLDV FVRVSRFVAS PRRKAVELLL RGGGVGGLID EAVEEEIKIV SKYPADASLP 201: DINEGVYGSD EFRMYSFKVK PCSRAYSHDW TECAFVHPGE NARRRDPRKY PYTCVPCPEF RKGSCPKGDS CEYAHGVFES WLHPAQYKTR LCKDETGCAR 301: KVCFFAHKRE EMRPVNASTG SAVAQSPFSS LEMMPGLSPL AYSSGVSTPP VSPMANGVPS SPRNGGSWQN RVNTLTPPAL QLNGGSRLKS TLSARDIDME 401: MEMELRLRGF GNNVEETFGS YVSSPSRNSQ MGQNMNQHYP SSPVRQPPSQ HGFESSAAAA VAVMKARSTA FAKRSLSFKP ATQAAPQSNL SDWGSPNGKL 501: EWGMKGEELN KMRRSVSFGI HGNNNNNAAR DYRDEPDVSW VNSLVKDSTV VSERSFGMNE RVRIMSWAEQ MYREKEQTVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)