AT1G48500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : jasmonate-zim-domain protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
jasmonate-zim-domain protein 4 (JAZ4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain-like (InterPro:IPR018467); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jasmonate-zim-domain protein 3 (TAIR:AT3G17860.1); Has 328 Blast hits to 328 proteins in 29 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 1; Plants - 326; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:17931658..17934433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33633.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERDFLGLGS KLSPITVKEE TNEDSAPSRG MMDWSFSSKV GSGPQFLSFG TSQQETRVNT VNDHLLSSAA MDQNQRTYFS SLQEDRVFPG SSQQDQTTIT 101: VSMSEPNYIN SFINHQHLGG SPIMAPPVSV FPAPTTIRSS SKPLPPQLTI FYAGSVLVYQ DIAPEKAQAI MLLAGNGPHA KPVSQPKPQK LVHHSLPTTD 201: PPTMPPSFLP SISYIVSETR SSGSNGVTGL GPTKTKASLA STRNNQTAAF SMAPTVGLPQ TRKASLARFL EKRKERVINV SPYYVDNKSS IDCRTLMSEC 301: VSCPPAHHLH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)