AT1G62990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : KNOTTED-like homeobox of Arabidopsis thaliana 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain transcription factor of the Knotted family. May be involved in secondary cell wall biosynthesis. Mutants have moderately irregular xylem development. Expression of this gene is upregulated by SND1 and MYB46. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KNOTTED-like homeobox of Arabidopsis thaliana 7 (KNAT7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ELK (InterPro:IPR005539), KNOX1 (InterPro:IPR005540), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), KNOX2 (InterPro:IPR005541), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: KNOTTED1-like homeobox gene 3 (TAIR:AT5G25220.1); Has 5187 Blast hits to 5186 proteins in 324 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1947; Fungi - 303; Plants - 2774; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 163 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23337468..23340348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32910.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 291 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQEAALGMMG ATVGGDGDTA VVAEQNRQLK GEIATHPMYE QLLAAHVACL RVATPIDQLP IIEAQLSQSH HLLRSYASTA VGYHHDRHEL DNFLAQYVMV 101: LCSFKEQLQQ HVRVHAVEAV MACREIENNL HSLTGATLGE GSGATMSEDE DDLPMDFSSD NSGVDFSGGH DMTGFGPLLP TESERSLMER VRQELKLELK 201: QGFKSRIEDV REEIMRKRRA GKLPGDTTTV LKNWWQQHCK WPYPTEDDKA KLVEETGLQL KQINNWFINQ RKRNWHNNSH SLTSLKSKRK H |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)