AT4G25200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
onion epidermal cell layer (mitochondrial marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mitochondrion-localized small heat shock protein 23.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AtHSP23.6-mito mRNA, nuclear gene encoding mitochondrial | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mitochondrion-localized small heat shock protein 23.6 (HSP23.6-MITO); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to heat; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein Hsp20 (InterPro:IPR002068), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSP20-like chaperones superfamily protein (TAIR:AT5G51440.1); Has 4365 Blast hits to 4365 proteins in 1128 species: Archae - 166; Bacteria - 2413; Metazoa - 2; Fungi - 150; Plants - 1316; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 318 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12917089..12917858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23611.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASALALKRL LSSSIAPRSR SVLRPAVSSR LFNTNAVRSY DDDGENGDGV DLYRRSVPRR RGDFFSDVFD PFSPTRSVSQ VLNLMDQFME NPLLSATRGM 101: GASGARRGWD IKEKDDALYL RIDMPGLSRE DVKLALEQDT LVIRGEGKNE EDGGEEGESG NRRFTSRIGL PDKIYKIDEI KAEMKNGVLK VVIPKMKEQE 201: RNDVRQIEIN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)