AT3G46230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : heat shock protein 17.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of the class I small heat-shock protein (sHSP) family, which accounts for the majority of sHSPs in maturing seeds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
heat shock protein 17.4 (HSP17.4); INVOLVED IN: response to heat; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage, LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein Hsp20 (InterPro:IPR002068), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSP20-like chaperones superfamily protein (TAIR:AT1G53540.1); Has 7056 Blast hits to 7055 proteins in 1590 species: Archae - 177; Bacteria - 4281; Metazoa - 88; Fungi - 291; Plants - 1609; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16984263..16984733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17440.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 156 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLVPSFFGG RRTNVFDPFS LDVWDPFEGF LTPGLTNAPA KDVAAFTNAK VDWRETPEAH VFKADVPGLK KEEVKVEVED GNILQISGER SSENEEKSDT 101: WHRVERSSGK FMRRFRLPEN AKVEEVKASM ENGVLSVTVP KVQESKPEVK SVDISG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)