AT1G23380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : KNOTTED1-like homeobox gene 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homeodomain transcription factor KNAT6, belonging to class I of KN transcription factor family (which also includes KNAT1 and KNAT2). Expression is increased in as and bop1 leaf mutants. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KNOTTED1-like homeobox gene 6 (KNAT6); FUNCTIONS IN: DNA binding, transcription activator activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: meristem maintenance; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: KNOX2 (InterPro:IPR005541), ELK (InterPro:IPR005539), Homeobox (InterPro:IPR001356), KNOX1 (InterPro:IPR005540), Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana 2 (TAIR:AT1G70510.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8297499..8302492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36935.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 327 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGMYNFHSA GDYSDKSVLM MSPESLMFPS DYQALLCSSA GENRVSDVFG SDELLSVAVS ALSSEAASIA PEIRRNDDNV SLTVIKAKIA CHPSYPRLLQ 101: AYIDCQKVGA PPEIACLLEE IQRESDVYKQ EVVPSSCFGA DPELDEFMET YCDILVKYKS DLARPFDEAT CFLNKIEMQL RNLCTGVESA RGVSEDGVIS 201: SDEELSGGDH EVAEDGRQRC EDRDLKDRLL RKFGSRISTL KLEFSKKKKK GKLPREARQA LLDWWNLHYK WPYPTEGDKI ALADATGLDQ KQINNWFINQ 301: RKRHWKPSEN MPFAMMDDSS GSFFTEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)