AT1G20900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Predicted AT-hook DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an AT hook domain containing protein that acts redundantly with SOB3 to modulate hypocotyl growth inhibition in response to light. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ESCAROLA (ESC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Predicted AT-hook DNA-binding family protein (TAIR:AT1G76500.1); Has 2335 Blast hits to 2120 proteins in 205 species: Archae - 0; Bacteria - 577; Metazoa - 531; Fungi - 95; Plants - 869; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 248 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7273024..7273959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31844.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 311 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGGYEQGGG ASRYFHNLFR PEIHHQQLQP QGGINLIDQH HHQHQQHQQQ QQPSDDSRES DHSNKDHHQQ GRPDSDPNTS SSAPGKRPRG RPPGSKNKAK 101: PPIIVTRDSP NALRSHVLEV SPGADIVESV STYARRRGRG VSVLGGNGTV SNVTLRQPVT PGNGGGVSGG GGVVTLHGRF EILSLTGTVL PPPAPPGAGG 201: LSIFLAGGQG QVVGGSVVAP LIASAPVILM AASFSNAVFE RLPIEEEEEE GGGGGGGGGG GPPQMQQAPS ASPPSGVTGQ GQLGGNVGGY GFSGDPHLLG 301: WGAGTPSRPP F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)