AT3G04570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AT-hook motif nuclear-localized protein 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AT-hook motif nuclear-localized protein 19 (AHL19); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AT-hook motif nuclear-localized protein 20 (TAIR:AT4G14465.1); Has 7030 Blast hits to 3903 proteins in 396 species: Archae - 17; Bacteria - 3505; Metazoa - 1173; Fungi - 108; Plants - 1514; Viruses - 84; Other Eukaryotes - 629 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1231221..1232168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32039.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANPWWTGQV NLSGLETTPP GSSQLKKPDL HISMNMAMDS GHNNHHHHQE VDNNNNDDDR DNLSGDDHEP REGAVEAPTR RPRGRPAGSK NKPKPPIFVT 101: RDSPNALKSH VMEIASGTDV IETLATFARR RQRGICILSG NGTVANVTLR QPSTAAVAAA PGGAAVLALQ GRFEILSLTG SFLPGPAPPG STGLTIYLAG 201: GQGQVVGGSV VGPLMAAGPV MLIAATFSNA TYERLPLEEE EAAERGGGGG SGGVVPGQLG GGGSPLSSGA GGGDGNQGLP VYNMPGNLVS NGGSGGGGQM 301: SGQEAYGWAQ ARSGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)