AT4G32980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox gene 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes transcription factor involved in photomorphogenesis. Regulates gibberellin biosynthesis. Activated by AGAMOUS in a cal-1, ap1-1 background. Expressed at low levels in developing stamens. Increased levels of ATH1 severely delay flowering in the C24 accession. Most remarkably, ectopically expressed ATH1 hardly had an effect on flowering time in the Col-0 and Ler accessions. ATH1 physically interacts with STM, BP and KNAT6 and enhances the shoot apical meristem defect of some of these genes suggesting a role in SAM maintenance. Nuclear localization is dependent upon interaction with STM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox gene 1 (ATH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), POX (InterPro:IPR006563), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BEL1-like homeodomain 7 (TAIR:AT2G16400.1); Has 5042 Blast hits to 5042 proteins in 335 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2114; Fungi - 285; Plants - 2468; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 175 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:15914865..15916873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53902.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 473 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNNNNNNTF SSLDNVMTNQ NPLLMDFIPS REDSTSFSTM LPWNTIRSDP LQMGGFDIFN SMLTNKYLSS SPRSIDVQDN RNVEFMAPPP HPPPLHPLDH 101: LRHYDDSSNN MWGFEANSEF QAFSGVVGPS EPMMSTFGEE DFPFLISNKR NNELSLSLAS DVSDECSEIS LCAATRLASE QASCSSKDIS NNVVTQGFSQ 201: LIFGSKYLHS VQEILSHFAA YSLDYSSRGT ESGAASSAFT SRFENITEFL DGDSNNSEAG FGSTFQRRAL EAKKTHLLDL LQMVDDRYSH CVDEIHTVIS 301: AFHAATELDP QLHTRFALQT VSFLYKNLRE RICKKIISMG SVLERGKDKT QETSMFHQHC LLQQLKRKNH QIWRPQRGLP EKSVSVLRNW MFQNFLHPYP 401: KDSEKHLLAI RSGLTRSQVS NWFINARVRL WKPMIEEMYA EMNKRKLNNS HIQPNGPTLR MPKSVMMSQA MHK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)