AT1G11910.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : aspartic proteinase A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an aspartic proteinase that forms a heterodimer and is stable over a broad pH range (ph 3-8). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
aspartic proteinase A1 (APA1); FUNCTIONS IN: endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, response to salt stress; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Saposin-like (InterPro:IPR011001), Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Saposin-like type B, 1 (InterPro:IPR007856), Saposin-like type B, 2 (InterPro:IPR008138), Saposin B (InterPro:IPR008139), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Saposin-like aspartyl protease family protein (TAIR:AT1G62290.2); Has 7443 Blast hits to 5200 proteins in 420 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 4134; Fungi - 1703; Plants - 675; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 929 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4017119..4019874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54616.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 506 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKIYSRTVAV SLIVSFLLCF SAFAERNDGT FRVGLKKLKL DSKNRLAARV ESKQEKPLRA YRLGDSGDAD VVVLKNYLDA QYYGEIAIGT PPQKFTVVFD 101: TGSSNLWVPS SKCYFSLACL LHPKYKSSRS STYEKNGKAA AIHYGTGAIA GFFSNDAVTV GDLVVKDQEF IEATKEPGIT FVVAKFDGIL GLGFQEISVG 201: KAAPVWYNML KQGLIKEPVF SFWLNRNADE EEGGELVFGG VDPNHFKGKH TYVPVTQKGY WQFDMGDVLI GGAPTGFCES GCSAIADSGT SLLAGPTTII 301: TMINHAIGAA GVVSQQCKTV VDQYGQTILD LLLSETQPKK ICSQIGLCTF DGTRGVSMGI ESVVDKENAK LSNGVGDAAC SACEMAVVWI QSQLRQNMTQ 401: ERILNYVNEL CERLPSPMGE SAVDCAQLST MPTVSLTIGG KVFDLAPEEY VLKVGEGPVA QCISGFIALD VAPPRGPLWI LGDVFMGKYH TVFDFGNEQV 501: GFAEAA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)