AT3G52850.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar sorting receptor homolog 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the Vacuolar Sorting Receptor-1 (VSR-1)/Epidermal Growth Factor Receptor-like protein1(VSR-1/ATELP1). Binds vacuolar targeting signals. Involved in sorting seed storage proteins into vacuoles. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar sorting receptor homolog 1 (VSR1); FUNCTIONS IN: amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding; INVOLVED IN: Golgi to vacuole transport, vacuolar transport, protein targeting to vacuole; LOCATED IN: trans-Golgi network, Golgi apparatus, plasma membrane, integral to plasma membrane, Golgi transport complex; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), EGF-like calcium-binding, conserved site (InterPro:IPR018097), EGF calcium-binding (InterPro:IPR013091), Growth factor, receptor (InterPro:IPR009030); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VACUOLAR SORTING RECEPTOR 2 (TAIR:AT2G30290.2); Has 12319 Blast hits to 5607 proteins in 222 species: Archae - 0; Bacteria - 78; Metazoa - 11101; Fungi - 9; Plants - 529; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 602 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19587999..19591690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68995.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 623 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLGLFTLSF LLILNLAMGR FVVEKNNLKV TSPDSIKGIY ECAIGNFGVP QYGGTLVGTV VYPKSNQKAC KSYSDFDISF KSKPGRLPTF VLIDRGDCYF 101: TLKAWIAQQA GAAAILVADS KAEPLITMDT PEEDKSDADY LQNITIPSAL ITKTLGDSIK SALSGGDMVN MKLDWTESVP HPDERVEYEL WTNSNDECGK 201: KCDTQIEFLK NFKGAAQILE KGGHTQFTPH YITWYCPEAF TLSKQCKSQC INHGRYCAPD PEQDFTKGYD GKDVVVQNLR QACVYRVMND TGKPWVWWDY 301: VTDFAIRCPM KEKKYTKECA DGIIKSLGID LKKVDKCIGD PEADVENPVL KAEQESQIGK GSRGDVTILP TLVVNNRQYR GKLEKGAVLK AMCSGFQEST 401: EPAICLTEDL ETNECLENNG GCWQDKAANI TACRDTFRGR LCECPTVQGV KFVGDGYTHC KASGALHCGI NNGGCWRESR GGFTYSACVD DHSKDCKCPL 501: GFKGDGVKNC EDVDECKEKT VCQCPECKCK NTWGSYECSC SNGLLYMREH DTCIGSGKVG TTKLSWSFLW ILIIGVGVAG LSGYAVYKYR IRSYMDAEIR 601: GIMAQYMPLE SQPPNTSGHH MDI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)